Znanstvenoistraživački projekti HMD-a
● Bioraznolikost gljiva Hrvatske
(raniji naziv: Inventarizacija i kartiranje gljiva Hrvatske (1999-).
Temeljni, dugoročni projekt HMD-a.
● Studija ugroženosti gljiva na cretovima Hrvatske (2000-2001).
● Inventarizacija i istraživanje gljiva Đurđevačkih i Kloštarskih pijesaka (2001-2002).
U suradnji s Ministarstvom zaštite okoliša i prostornog uređenja.
● Pregled vrsta gljiva na području Parka prirode Žumberak – Samoborsko gorje (2002).
U suradnji s Parkom prirode Žumberak – Samoborsko gorje.
● Inventarizacija i kartiranje gljiva otoka Brača (2002).
● Istraživanje gljiva bukovih šuma i travnjaka u parku prirode Žumberak – Samoborsko gorje (2003-2004).
U suradnji s Parkom prirode Žumberak – Samoborsko gorje.
● Inventarizacija gljiva NP Sjeverni Velebit (2003-2004).
U suradnji s Nacionalnim parkom Sjeverni Velebit.
● Inventarizacija gljiva NP Sjeverni Velebit – 2. faza (2004-2005).
U suradnji s Nacionalnim parkom Sjeverni Velebit.
● Usporedno istraživanje gljiva bukovih šuma različitih dobnih razreda (2005).
U suradnji s Parkom prirode Žumberak – Samoborsko gorje.
● Istraživanje gljiva Parka prirode Papuk (2005-2006).
U suradnji s Parkom prirode Papuk.
● Inventarizacija gljiva NP Sjeverni Velebit – 3. faza (2006).
U suradnji s Nacionalnim parkom Sjeverni Velebit.
● Botaničko-mikološko istraživanje creta Banski Moravci (2006).
U suradnji s Javnom ustanovom za upravljanje zaštićenim prirodnim vrijednostima Karlovačke županije.
● Inventarizacija i analiza ugroženosti gljiva u Značajnom krajobrazu Saplunara na otoku Mljetu (2006).
U suradnji s Dubrovačko-neretvanskom županijom.
● Usporedno istraživanje gljiva bukovih šuma različitih dobnih razreda – 2007. godina (2007).
U suradnji s Javnom ustanovom Park prirode Žumberak – Samoborsko gorje.
● Istraživanje gljiva Nacionalnog parka Krka (2007-2009).
U suradnji s Nacionalnim parkom Krka.
● Biološka raznolikost gljiva na travnjacima u Parku prirode Medvednica (2008-2009).
U suradnji s Javnom ustanovom Park prirode Medvednica.
● Kartiranje i monitoring makroskopskih gljiva u Europi – pilot studija (2008-2010).
U suradnji s Europskim vijećem za zaštitu gljiva (ECCF).
● Bioraznolikost gljiva Nacionalnog parka Mljeta (2010-2011).
U suradnji s Nacionalnim parkom Mljet.
Stručni projekti HMD-a te projekti koje su vodili ili u njima sudjelovali njegovi mikolozi
● Informacijska mreža za zaštitu gljiva u jugoistočnoj Europi (2010-2011).
U suradnji s Mikološkim društvom Crne Gore, Makedonskim mikološkim društvom i Regionalnim centrom zaštite okoliša (Budimpešta).
● Spašavanje i obnova creta Dubravice (2001-2006).
U suradnji s Mikološkim društvom Crne Gore, Makedonskim mikološkim društvom i Regionalnim centrom zaštite okoliša (Budimpešta).
● Spašavanje i obnova mikološki vrijedne livade na Vrhovcu u Zagrebu (2002).
U suradnji s Ministarstvom zaštite okoliša i prostornog uređenja.
● Stručna podloga za izmjene i dopune Pravilnika o zaštiti gljiva (2002).
U suradnji s Ministarstvom zaštite okoliša i prostornog uređenja.
● Promicanje zaštite gljiva Hrvatske (2002).
U suradnji s Uredom za udruge Vlade Republike Hrvatske.
● Prijedlog za uključivanje 33 ugrožene vrste gljiva Europe u Bernsku konvenciju (2002-2003).
Projekt Europskog vijeća za zaštitu gljiva (ECCF).
● Standardizacija hrvatskog prirodoslovnog nazivlja gljiva (2004-).
● Crveni popis ugroženih gljiva Hrvatske (2005).
U suradnji s Državnim zavodom za zaštitu prirode.
● Područja važna za gljive kao dio nacionalne ekološke mreže (2005).
U suradnji s Državnim zavodom za zaštitu prirode.
● Izrada Crvene knjige gljiva Hrvatske (2005-2008).
U suradnji s Državnim zavodom za zaštitu prirode.
● Studija ugroženosti gljiva u Parku prirode Medvednica (2007).
U suradnji s Parkom prirode Medvednica.
● Analiza bioraznolikosti gljiva interesnog područja Hrvatskog zagorja (2012).
U suradnji s Državnim zavodom za zaštitu prirode.